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Mit einem Auflichtmikroskop kann die Oberfläche von nicht lichtdurchlässigen Objekten vergrößert dargestellt werden. Das Licht durchdringt die Probe nicht, sondern wird von ihr absorbiert oder reflektiert. Mit einem Auflichtmikroskop können auch stark strukturierte Oberflächen unterschiedlich geformter Objekte visuell untersucht werden. Für die Untersuchung der inneren Strukturen von Metallen, Legierungen, Verbundwerkstoffen oder bei Bauteilen können Schnitte und Feinschliffe für die Betrachtung unter dem Auflichtmikroskop gefertigt werden.
Ein Auflichtmikroskop für den mobilen oder den Laboreinsatz
Beim Auflichtmikroskop befindet sich das Untersuchungsobjekt nicht zwischen Lichtquelle und Objektiv. Das ermöglicht Bauformen, die sehr flexibel einsetzbar sind. Ein leistungsfähiges 
Auflichtmikroskop ohne eigenen Monitor kann so klein sein, dass es in übliche Hosen- oder Jackentaschen passen würde. Für den mobilen Einsatz können solche Minimikroskope vor Ort mit einem Laptop verbunden und über diesen mit der nötigen Spannung versorgt werden. Auf dem Laptop oder PC werden nicht nur die Bilder angezeigt, die das Auflichtmikroskop überträgt. Über die zum jeweiligen Mikroskop gehörende Software können auch zusätzliche Funktionen aufgerufen werden.
Ein Auflichtmikroskop für den Einsatz an einem festen Arbeitsplatz im Labor oder in der Werkstatt muss in Größe und Gewicht in der Regel nicht auf ein Minimum beschränkt werden. Stattdessen soll es möglichst anwenderfreundlich zu bedienen sein. Für eine stabile Position auf dem Arbeitstisch sorgt entweder ein Stativ mit Standfuß oder ein am Tisch befestigter, schwenkbarer Gelenkarm. Bei einem Auflichtmikroskop mit starrer Objektivbefestigung muss stets das zu untersuchende Objekt bewegt werden, wenn sich die gewünschte Stelle nicht auf dem vergrößerten Bild befindet. Oft lassen sich aber der Abstand des Objektivs von der Probe und verschiedene Stufen der Vergrößerung einstellen. Ein Auflichtmikroskop mit beweglichem Arm für die Kamera bzw. das Objektiv ermöglicht es, das Mikroskop zu schwenken und an die gewünschte Stelle über der Probe zu bewegen. Dies bietet insbesondere bei großen, schweren und unregelmäßig geformten Objekten erhebliche Vorteile.
Wichtige technische Spezifikationen beim digitalen Auflichtmikroskop
Die Vergrößerung und die Bildauflösung zählen zu den wichtigsten Auswahlkriterien bei einem digitalen Auflichtmikroskop. Dabei geht es nicht darum, die höchstmögliche, sondern die für die Aufgabe passende Vergrößerung auszuwählen. Zur Kontrolle von Leiterplatten genügen beispielsweise oft schon Vergrößerungen auf das Zehnfache oder Zwanzigfache. Meist kann zwischen verschiedenen Stufen der Vergrößerung gewählt oder die Vergrößerung stufenlos innerhalb eines bestimmten Bereiches verändert werden. Der Detailgehalt der vergrößerten Bilder ist vor allem von der möglichen Auflösung des Bildsensors und des verwendeten Monitors abhängig.
Die Arbeitshöhe ist begrenzt bei einem stationären Auflichtmikroskop, bei dem das Objektiv nur in vertikaler Richtung an einem festen Stativ bewegt werden kann. 
Die Arbeitshöhe ist entscheidend dafür, welche Abmessungen die Proben maximal haben dürfen. Bei einem mobilen Auflichtmikroskop oder einem mit gelenkiger Befestigung kann das Objektiv bewegt und mit passender Entfernung auf die zu untersuchende Stelle der Probe ausgerichtet werden.
Schnittstellen zur Datenübertragung bieten die Möglichkeit, die Bilder vom Auflichtmikroskop direkt auf einem Computer oder einem separaten großen Monitor oder Fernsehbildschirm anzuzeigen. Außerdem können bei einigen Modellen die mit dem Mikroskop aufgenommenen Bild- und Videodateien über Datenschnittstellen an andere Geräte übertragen oder einem Netzwerk zur Verfügung gestellt werden.
Die Bilddatenspeicherung ist bei vielen Gerätetypen, die unabhängig von einem Computer betrieben werden können, über Wechseldatenträger möglich. Dafür ist das Auflichtmikroskop mit einem SD-Kartenfach oder einer Schnittstelle für USB-Sticks ausgestattet. Von den Wechseldatenträgern können die Bild- und Videodaten dann später einfach auf einen Computer übertragen werden.
Messfunktionen ermöglichen detaillierte Prüfungen und Vergleiche an den untersuchten Proben. Diese Messungen können beim digitalen Auflichtmikroskop außerdem sehr anschaulich durch Bilder der Vergrößerung mit Messmarkierungen und Beschriftungen dokumentiert werden. Meist sind die Messungen über die Software sehr einfach mit der Computermaus auf dem Bildschirm durchführbar. Dabei können nicht nur Strecken und Winkel gemessen werden, sondern auch Flächeninhalt und Umfang von Kreisen, Vierecken und Polygonen.
